Alexander et Nadia, deux adolescents, accompagnent Kate, journaliste au National Geographic, dans ses expeditions. Ce qui aurait du etre un reportage paisible sur les safaris a dos d'elephant en Afrique prend une tout autre tournure quand leur avion fait un atterrissage force pres d'un village bantou dirige par un pretendu sorcier… Celui-ci seme la terreur chez les villageois et dans le peuple pygmee des forets alentour, qu'il a reduit en esclavage. Kate prisonniere, Nadia et Alexander s'enfoncent dans la foret et rejoignent les Pygmees, partis a la chasse a l'elephant, pour les convaincre de se rebeller…

La Foret des Pygmees vient clore la trilogie entamee avec La Cite des dieux sauvages et poursuivie avec Le Royaume du Dragon d'or.